Tomaremos el control de un protagonista silencioso, es decir, sin diálogos, que ha sido trasladado al instituto Shujin en tokio, después de ser arrestado por agredir al acosador de una mujer.
Durante su estancia en el instituto conocerá a sus compañeros y demás personajes, qué además serán jugables durante la trama: Ann Takamaki, Ryuji Sakamoto, Yusuke Kitagawa, Makoto Niijima, Futaba Sakura, Haru Okumura, Goro Akechi y un gato con la habilidad de transformarse llamado Morgana.
Juntos y al despertar a sus poderes se convertirán en los Phantom Thieves of Hearts, un grupo de héroes, que deberán entrar y reformar a los corazones de los adultos corrompidos los cuales se encuentran representados en “el palacio” de cada uno. Gracias a unas increíbles cinemáticas de anime, iremos descubriendo cada vez más sobre esta misteriosa aventura y sus personajes.
