‘Deus Ex: Mankind Divided’ transcurre en el año 2029, dos años después de los sucesos acaecidos en ‘Human Revolution’ y el infame incidente con los Aumentos en Pancaya que produjo la muerte de millones de personas a manos de aquellos que habían instalado los aumentos.
Este suceso ha provocado una enorme división entre aquellos que tienen aumentos y los que no. En esta confusión emocional hay diversas facciones que buscan manipular a las masas desvirtuando la opinión pública sobre los aumentos en su propio beneficio y encubriendo la verdad sobre lo que realmente ocurrió.