Call of Duty Advanced Warfare se situará en el año 2054. Las compañías militares privadas o PMCs se encuentran en la cúspide de la práctica militar a nivel mundial, ofreciendo sus servicios a distintas naciones sin importar las fronteras. Jonathan Irons (Kevin Spacey) es el fundador de la PMC más grande de todas: “Atlas”. El mundo se encuentra en un estado crítico tras un ataque a gran escala, descrito por Sledgehammer como un nuevo 11 de septiembre, por parte del grupo terrorista KVA.
El protagonista, el cabo Mitchell será un Marine de los Estados Unidos que se une a la PMC Atlas a petición del hijo de Jonathan Irons, Will Irons. Se menciona que Mitchell será el único protagonista y que no hablará durante el juego, solo en las cutscenes.